Krajina chráněné krajinné oblasti Soutok patří k nejteplejším částem České republiky. Klimaticky území náleží do oblasti teplé T4, vyznačující se velmi dlouhým, teplým a suchým létem. Přechodné období je krátké, s teplým jarem a podzimem. Zima je také krátká, mírně teplá a suchá až velmi suchá, sněhová pokrývka se udrží vždy jen na chvíli. Průměrná roční teplota je 9 až 10°C a úhrn srážek 500 až 550 mm. V posledních desetiletích jsou zaznamenány vyšší průměrné roční teploty a současně nižší srážkové úhrny.