Díky jejich zachovalosti v nich najdeme rozmanitá lesní společenstva s mnohými původními druhy rostlin i živočichů, které ve zdejší intenzivně zemědělsky využívané a jen málo lesnaté krajině můžeme vidět právě jen zde. Najdeme tu společenstva vápnomilných bučin, dubohabřin, habrových javořin, bikových, lipových a dokonce i teplomilných břekových doubrav s jeřábem břekem (Sorbus torminalis). Výjimečný je výskyt některých rostlinných druhů, které jsou zde na severní hranici svého rozšíření proti toku Moravy jako je bělozářka větvitá (Anthericum ramosum), slézovník velkokvětý (Bismalva alcea) či kokořík vonný (Polygonatum odoratum). Vhodné podmínky pro růst teplomilnějších druhů rostlin jsou díky vápencovému podloží také na vrchu Třesín, kde můžeme najít např. čilimník nízký (Chamaecytisus supinus), hrachor černý (Lathyrus niger), či medovník meduňkolistý (Melittis melissophyllum). Z lesních orchidejí můžeme v Pomoraví vidět např. okrotici bílou (Cephalanthera damasonium) a kruštík širolistý (Epipactis helleborine).